Dengan kepercayaan untuk menyelenggarakan perluasan mandat, IKIP Surabaya berubah menjadi Universitas Negeri Surabaya (Unesa) berdasarkan SK Presiden R.I. nomor 93/1999 tertanggal 4 Agustus 1999 dengan mengelola enam fakultas, yaitu (1) Fakultas Ilmu Pendidikan (FIP), (2) Fakultas Bahasa dan Sastra (FBS), (3) Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA), (4) Fakultas Ilmu Sosial (FIS), (5) Fakultas Teknik (FT), dan (6) Fakultas Ilmu Keolahragaan (FIK) serta Program Pascasarjana.


Sejak tahun 2006 bertambah satu fakultas, yaitu Fakultas Ekonomi (FE) sebagai fakultas ketujuh. Mulai tahun 2015 terdapat perubahan nama Fakultas Ilmu Sosial (FIS) menjadi Fakultas Ilmu Sosial dan Hukum (FISH), seiring dengan makin berkembangnya ilmu hukum di Fakultas Ilmu Sosial Unesa. Sesuai dengan Statuta Unesa yang baru, Fakultas Ilmu Keolahragaan (FIK) berubah menjadi Fakultas Ilmu Olahraga (FIO). Dengan tujuh fakultas dan satu program pascasarjana tersebut  Unesa diberi kewenangan menyelenggarakan program kependidikan dan program nonkependidikan, dengan tugas utama tetap sebagai Lembaga Pendidikan Tenaga Kependidikan (LPTK).